En el año 2011, un desastre industrial libera un virus que elimina al 99% de la población del planeta, dejando solo cinco millones de supervivientes en una ciudad utópica llamada Bregna. 400 años más tarde, Aeon Flux es una misteriosa asesina luchando por destruir el régimen de Irevor Goodchild, gobernante de Bregna y descendiente del hombre que encontró una cura para el virus mortal.