En un Japón ocupado por el Imperio de Britannia, Lelouch obtiene el poder del Geass y asume la identidad del enmascarado Zero para liderar la rebelión.
Japón se ha convertido en un estado vasallo del Imperio de Britannia denominado como Área 11. El joven Lelouch, que asiste a la Academia Ashford, una escuela británica, se ve atrapado en una batalla entre terroristas y el ejército británico en el gueto de Shinjuku. En medio del conflicto, una chica misteriosa le concede a Lelouch el poder del rey, con el que puede obligar a los otros a cumplir sus órdenes. Tras obtener el poder del Geass, Lelouch trata de destruir el mundo tal y como lo conoce. Por su parte, su viejo amigo Suzaku pilota el Knightmare Frame conocido como Lancelot en nombre de los ideales y la verdad. Estas visiones del mundo enfrentadas se convierten en una gran ola que sacude el imperio. Está a punto de dar comienzo una nueva leyenda del siglo XX