Madoka Kaname es una adolescente de 14 años que lleva una vida tranquila junto a su familia y amigos hasta que ella y su amiga Sayaka Miki conocen a una misteriosa criatura que les ofrece concederles un deseo a cambio de convertirse en Puella Magi y combatir a las terribles brujas que siembran la desesperación. Mientras la experimentada Mami Tomoe las anima a aceptar el trato, la enigmática Homura Akemi les advierte de los peligros que esconde este destino.