Este manga relata tres historias. La principal, Junjou Romantica, es
sobre Usami y el hermano menor de su mejor amigo -y amor no
correspondido-, Misaki. Usami es un famoso escritor de novelas,
especialmente BL (boys love). Tras conocerse al Misaki necesitar de su
ayuda para aprobar un examen de ingreso a una universidad, la
curiosidad se desata cuando Misaki descubre las obras en las que
trabaja Usami, y en las que inexplicablemente aparecen mencionados
su hermano y él. Las otras dos historias son de aparición menos
frecuente pero igual complementan a la historia principal: Junjou Egoist
(sobre Hiroki, su amor no correspondido con Usami y su relación con
Niwaki) y Junjou Terrorist (sobre Miyagi, el jefe de Hiroki, quien no
logra dejar atrás su trágico pasado, y su relación con Shinobu).